Helen Malkowsky ist gebürtige Dresdnerin. Sie schloß zunächst ein Studium als Diplom - Orchestermusikerin im Hauptfach Querflöte an der Hochschule für Musik ihrer Heimatstadt ab. Parallel dazu sammelte sie erste Erfahrungen als Regieassistentin in der von Prof. Andreas Baumann neu gegründeten Opernklasse am selben Institut.

Ihr Interesse an der szenischen Arbeit überwog schließlich und es folgten Engagements als Regieassistentin und Abendspielleiterin an den Landesbühnen Sachsen Radebeul, dem Saarländischen Staatstheater Saarbrücken, dem Theater Basel und den Bayreuther Festspielen (2003 - 2006 "Der fliegende Holländer", Regie Claus Guth). Erste Aufträge für eigene Inszenierungen folgten schnell  - u.a. "Hänsel und Gretel" für die Felsenbühne Rathen und "Die lustigen Nibelungen" in der Alten Feuerwache Saarbrücken - und legten den Grundstein für ihre weitere Laufbahn.

Seit 2001 realisiert sie Musiktheaterproduktionen im deutschsprachigen Raum.  Zu ihren Arbeiten zählen u.a. "Der Rosenkavalier" am Staatstheater Nürnberg, "Mignon" am Tiroler Landestheater Innsbruck, "Parsifal" am Staatstheater Kassel, "Die Entführung aus dem Serail" an der Volksoper Wien/ Österreich und dem Theater Würzburg, "Pique Dame" am Theater Chemnitz,  "Hamlet" und "Katja Kabanova" am Theater Krefeld – Mönchengladbach,  "Nabucco" bei den Opernfestspielen Heidenheim , "Werther" am Theater Aachen, "Carmen" am Theater Bielefeld, "Das Land des Lächelns" an den Theater Detmold und Münster, "WIR" (UA) bei der  Müncher Biennale sowie die Uraufführung der Oper "Zauberberg" in Chur/ Schweiz. In jüngster Zeit gilt ihr Interesse verstärkt dem zeitgenössischen Repertoire. "Solaris" von Daj Fujikura an der Neuen Oper Wien und "Schönberg in Hollywood" an der Volksoper zählen zu ihren neuesten Arbeiten.

Helen Malkowsky war 2004 - 2008 Oberspielleiterin und Leiterin des Internationalen Opernstudios am Staatstheater Nürnberg, 2010 - 2013 Operndirektorin des Theaters Bielefeld und 2014 - 2017 Beraterin des Intendanten für den Bereich Musiktheater am Theater Chemnitz. Ihre Arbeit mit den Ensembles und ihre Regiehandschrift wurden jeweils prägend für den Stil und die Ausrichtung der Häuser und es entstanden unterschiedlichste,  von Publikum wie Presse hoch gelobte Arbeiten: in Nürnberg z.B.  „Der fliegende Holländer“, „Melusine“ und „Eugen Onegin “, in Bielefeld „Luisa Miller“, „Capriccio“, „Alice in Wonderland“ (Unsuk Chin), „Peter Grimes“ und „Hoffmanns Erzählungen“ und in Chemnitz „Paradise reloaded/ Lilith“ (DEA), "Die tote Stadt" und "Don Carlo".

Im Rahmen von Semesterarbeiten, die jeweils in eine Aufführungsserie ihrer Inszenierungen mündeten, wurde Helen Malkowsky  als Gast an die Universität der Künste Berlin für „A Midsummer Night’s Dream“, an die Hochschule für Musik Dresden für „Der Wildschütz“ und an die Folkwang Universität Essen für „The Turn oft the Screw“ eingeladen.

Seit dem Wintersemester 2018/19 ist Helen Malkowsky Professorin für Musiktheaterregie und Szenische Interpretation an der Universität für Musik und Darstellende Kunst Wien.